適当にグラデーションをかけたテクスチャを何パターンか描いて、O2+Buldozeで試したところ、分かったことは2つです。
　1.paa形式でないと半透過はできない
　(pac形式だと透明度50%あたりを境に透過するか/しないかのどちらか)
　2.レタッチソフト等で予めアルファチャンネルに何か書き込んでも、pac/paaに変換の過程で上書きされて消されてしまう

　2の結果が意外でして、これまで描いてきたテクスチャ(paa,pac)を再読み込みしたら、Texviewが勝手にアルファチャンネルを付け足していたことを知りました。
　普通のテクスチャは変換後は白色のアルファが付け足され、透明化していたものはアルファが灰色になっていました。
　うまく説明できないけど、アルファチャンネル側に何か描いても意味がないということでしょうか・・。
　やっぱりまだよく分かってないようです。

　ただ薄く透過する窓の作り方だけは分かりました。